Конечно, вы в праве использовать ваш vds как вам угодно. (не нарушая правила пользования сети)

Данный пример для ISP manager LITE
Во первых, проведите свою индивидуальную настройку. Сделайте свои настройки Бренда. Или там DNS, если вам это нужно.
Настройте модули и расширения.

Потом идите в закладку Пользователи. И создавайте.
Учтите, что в lite версии панели вы можете указать пользователю только такие вот лимиты(см.скрины), поэтому каждый пользователь будет потреблять «лимиты», как указано в ваших общих php настройках. Поэтому в зависимости нагруженности его сайта, даже 1 пользователь может сожрать/превысить все ресурсы vds.




В ISP manager LITE вы не сможете выставлять пользователям лимиты на процессов, память, кол-во запросов и прочее.
Единственное что вы можете.


Еще, в ISP панелях придуманы Шаблоны. (Панель — Настройки — Шаблоны)
Вы можете создать разные шаблоны, а потом при создании Пользователя просто выбрать. Чтобы не заполнять кучу полей.

Прежде чем загружать файлы на хостинг, вы должны добавить домен через панель управления. После чего корневая директория вашего сайта, в которую нужно перенести файлы, будет, например: /www/ваш_домен.ru/

Папки ect, logs, mod-tmp и прочие — не удаляем. Это нужные конфиги от ISP manager.