Прежде чем загружать файлы на хостинг, вы должны добавить домен через панель управления. После чего корневая директория вашего сайта, в которую нужно перенести файлы, будет, например: /www/ваш_домен.ru/

Папки ect, logs, mod-tmp и прочие — не удаляем. Это нужные конфиги от ISP manager.