Конвертирование старых конфигов и ящиков не рассматривается, считаем что у нас чистая система. Для использования почты в формате Maildir вместо mbox требуется:
В конфиге Exim настроить использование maildir вместо mboxvi /usr/local/etc/exim/configure

vi /usr/local/etc/exim/configure

local_delivery:
   maildir_format = true
   create_directory = true
   directory_mode = 700
   directory = ${extract{4}{:}{${lookup{$local_part@$domain}lsearch{/usr/local/etc/exim/passwd}}}}/.maildir

То есть главное указать maildir_format = true и поменять file на directory (изменив файл mbox на папку .maildir в строке) в секции local_delivery и перезапустить Exim, create_directory и directory_mode добавлены на случай если из домашней директории пользователя куда-нибудь денутся директории из папки почтового ящика (например, почистят почту так).

/usr/local/etc/rc.d/exim restart

В конфиге ISPmanager указать Option MailDir

vi /usr/local/ispmgr/etc/ispmgr.conf

прописать

Option MailDir

перезапустить панель

killall ispmgr

Теперь все новые ящики будут использовать формат maildir, а не mailbox