Подскажите, как, используя средства Ispmanager, сделать бекапы отдельных пользователей? Например, у меня 7 пользователей, я хочу, чтобы файлы только 6-ти из них сохранялись в бекапах.?

Зайдите в свойства созданного бэкапа и добавьте исключение для ненужного пользователя.

Или как вариант2, просто настройте Резервные копии, внутри каждого пользователя. Предупредите пользователя, чтобы он не удалял настройку. И пользователю будет доступно для скачивания и вам удобно, каждый каталог, каждый пользователь. Меньше времени на скачивание бэкапа.